分会理事会为最高决策机构。理事会由成员中的科研事业单位选派1名现职人员组成。任职人员应为分会成员单位法人代表或持有法人代表委托书的高层领导。理事会每届任期三年。理事会设理事长1人，由理事单位长春光机所推举产生，主持并全面负责理事会的工作。

分会将根据发展需要聘请专家学者成立专家委员会。分会专家委员会为分会理事会咨询机构。分会专家委员会由同行技术专家、法律专家和财务专家共同组成。专家委员会设主任1人，必要时可设立副主任1-2人，均由分会理事长提名，经理事会表决通过后任职。

分会日常工作由秘书处负责。秘书处为分会理事会执行机构，依托长春光机所设立。分会秘书处实行秘书长负责制，设秘书长1名，由分会理事长提名，经理事会批准后任职。秘书长向理事长负责，秘书处工作人员由秘书长聘任，由长春光机所派出。